Sitio web / Website: https://eveliacoss.github.io/GeneExprLupusMx/
GeneExprLupusMx es un paquete de datos en R, bilingüe y reproducible,
que integra perfiles transcriptómicos y metadatos clínicos de mujeres
mexicanas con lupus eritematoso sistémico (SLE) y controles sanas.
Incluye la expresión génica de monocitos, células dendríticas derivadas
de monocitos (moDC) y células dendríticas tolerogénicas (tolDC) de 33
voluntarias (10 controles y 23 pacientes; 99 muestras), junto con
lecciones que reproducen, paso a paso, las figuras del artículo
original.
data-raw/) para replicar las figuras y análisis del estudio.# install.packages("remotes")
remotes::install_github("EveliaCoss/GeneExprLupusMx", build_vignettes = TRUE)
Algunas lecciones usan paquetes de Bioconductor:
BiocManager::install(c("DESeq2", "ComplexHeatmap"))
Explora los resultados de forma interactiva en la Shinyapp de GeneExprLupusMx. Por ahora solo está disponible en español.
library(GeneExprLupusMx)
filtered_txi <- download_data("filtered_txi") # solo descarga la primera vez
dim(filtered_txi$counts) # genes x muestras
#> [1] 21718 99
table(metadata_cleaned$Group, metadata_cleaned$Cell_type)
#>
#> moDC monocyte tolDC
#> Ctrl 10 10 10
#> SLE 23 23 23
Los datos crudos de secuenciación (FASTQ) están en el European Genome-phenome Archive (EGA) con acceso controlado; los identificadores se encuentran en la Tabla suplementaria 2 del artículo.
Los datos y el código en los que se basa este paquete provienen del
artículo
original
y del análisis depositado en
Zenodo; por favor, cita ambas
fuentes (ver “Cómo citar los datos”). Aquí se reorganizaron en objetos
de R listos para usar; los scripts de data-raw/ documentan cada paso.
Hay dos citas: una para el paquete y otra para los datos. Si usas este recurso, por favor incluye ambas.
Si usas las lecciones, las funciones o los objetos de R del paquete:
Coss E (2026) GeneExprLupusMx: Datos transcriptómicos de lupus en mujeres mexicanas con lecciones de aprendizaje. Paquete de R. https://github.com/EveliaCoss/GeneExprLupusMx doi: 10.5281/zenodo.23751369.
Este DOI siempre apunta a la versión más reciente; en Zenodo encontrarás el DOI de cada versión.
En R:
citation("GeneExprLupusMx")
Los datos y el código provienen del artículo original y del análisis depositado en Zenodo:
Hernández-Ledesma AL, Coss-Navarrete EL, et al (2026) Gene expression profiling of dendritic cell tolerance dysfunction in women with systemic lupus erythematosus. Front. Immunol. 17:1771959. doi: 10.3389/fimmu.2026.1771959.
Coss-Navarrete EL, Hernández-Ledesma AL, et al (2025) Analysis of gene expression profiles during tolerance induction in dendritic cells from women with Systemic Lupus Erythematosus [Data set]. Zenodo. doi: 10.5281/zenodo.17742206.
Inspiración. Este paquete se inspira en palmerpenguins (Allison Horst, Alison Hill y Kristen Gorman), que mostró cómo un paquete de datos abiertos puede convertirse en un recurso educativo para aprender R, y en karel (Marcos Prunello), que demuestra el valor de una documentación bilingüe, en español e inglés, para acercar la programación a más personas.
rOpenSci. Agradezco a rOpenSci por seleccionarme como campeona de su programa Champions y por acompañarme en la creación de herramientas abiertas, interactivas y bilingües como esta, pensadas para compartirse con todo el mundo.
Software libre. Gracias a las autoras, autores y comunidades que desarrollan y mantienen los paquetes de libre uso que hacen posibles las lecciones:
También agradecemos a los recursos abiertos g:Profiler, Gene Ontology y Reactome, y a las voluntarias que participaron en el estudio.
El código del paquete se distribuye bajo la licencia MIT. Los datos originales provienen de las fuentes indicadas en Origen de los datos (el registro de Zenodo usa la licencia CC BY 4.0); si los usas, cita el artículo y el registro de Zenodo.
GeneExprLupusMx is a bilingual, reproducible R data package that
integrates transcriptomic profiles and clinical metadata from Mexican
women with systemic lupus erythematosus (SLE) and healthy controls.
It includes gene expression from monocytes, monocyte-derived dendritic
cells (moDCs) and tolerogenic dendritic cells (tolDCs) of 33 volunteers
(10 controls and 23 patients; 99 samples), together with lessons that
reproduce, step by step, the figures of the original article.
data-raw/)
to replicate the figures and analyses of the study.# install.packages("remotes")
remotes::install_github("EveliaCoss/GeneExprLupusMx", build_vignettes = TRUE)
Some lessons use Bioconductor packages:
BiocManager::install(c("DESeq2", "ComplexHeatmap"))
Explore the results interactively in the GeneExprLupusMx Shinyapp. For now, it is only available in Spanish.
library(GeneExprLupusMx)
filtered_txi <- download_data("filtered_txi") # only downloads the first time
dim(filtered_txi$counts) # genes x samples
#> [1] 21718 99
table(metadata_cleaned$Group, metadata_cleaned$Cell_type)
#>
#> moDC monocyte tolDC
#> Ctrl 10 10 10
#> SLE 23 23 23
The raw sequencing data (FASTQ) are deposited in the European Genome-phenome Archive (EGA) under controlled access; the identifiers are listed in Supplementary Table 2 of the article.
The data and code on which this package is based come from the original
article
and the analysis deposited in
Zenodo; please cite both
sources (see “How to cite the data”). Here they were reorganized into
ready-to-use R objects; the data-raw/ scripts document each step.
There are two citations: one for the package and one for the data. If you use this resource, please include both.
If you use the lessons, functions or R objects of the package:
Coss E (2026) GeneExprLupusMx: Transcriptomic data of lupus in Mexican women with learning lessons. R package. https://github.com/EveliaCoss/GeneExprLupusMx doi: 10.5281/zenodo.23751369.
This DOI always points to the latest version; on Zenodo you can find the DOI of each version.
In R:
citation("GeneExprLupusMx")
The data and code come from the original article and the analysis deposited in Zenodo:
Hernández-Ledesma AL, Coss-Navarrete EL, et al (2026) Gene expression profiling of dendritic cell tolerance dysfunction in women with systemic lupus erythematosus. Front. Immunol. 17:1771959. doi: 10.3389/fimmu.2026.1771959.
Coss-Navarrete EL, Hernández-Ledesma AL, et al (2025) Analysis of gene expression profiles during tolerance induction in dendritic cells from women with Systemic Lupus Erythematosus [Data set]. Zenodo. doi: 10.5281/zenodo.17742206.
Inspiration. This package is inspired by palmerpenguins (Allison Horst, Alison Hill and Kristen Gorman), which showed how an open data package can become an educational resource for learning R, and by karel (Marcos Prunello), which demonstrates the value of bilingual documentation, in Spanish and English, to bring programming to more people.
rOpenSci. I thank rOpenSci for selecting me as a champion of its Champions Program and for supporting me in creating open, interactive and bilingual tools like this one, meant to be shared with the world.
Open-source software. Thanks to the authors and communities who develop and maintain the free and open-source packages that make the lessons possible:
We also thank the open resources g:Profiler, Gene Ontology and Reactome, and the volunteers who took part in the study.
The package code is released under the MIT license. The original data come from the sources listed in Data sources (the Zenodo record uses the CC BY 4.0 license); if you use them, please cite the article and the Zenodo record.